Sejarah berdirinya museum ini berawal dari sebuah laboratorium sejarah yang dirintis oleh Bapak Drs. Doddy Soejono, M.A. pada 29 September 1985. Museum Laboratorium Sejarah PGRI Yogyakarta menempati beberapa ruangan di Gedung B Lantai 1 Kompleks bangunan pusat Kampus UPY.
Kepemilikan tanah dan bangunan museum berada di bawah Yayasan Pembina Universitas PGRI Yogyakarta. Museum Laboratorium Sejarah Universitas PGRI Yogykarta memiliki visi yaitu memberdayakan Museum Laboratorium Sejarah UPY untuk kemajuan ilmu pengetahuan dan pendidik an/pengajaran sejarah yang memi- liki komitmen nasional dan berwawasan global. Ada dua misi utama yang diusung oleh Museum Laboratorium Sejarah UPY. Pertama, mengem- bangkan tata kelola museum laboratorium sejarah yang efektif, efisien, demokratis, transparan, dan akuntabel untuk mewujudkan organisasi yang sehat, otonom, dan mempunyai daya saing yang tinggi. Kedua, mengoptimalkan pemanfaatan Musuem Laboratorium Sejarah UPY sebagai pusat sumber belajar sejarah untuk
mendukung:
Penyelenggaraan Pendidikan akademik dan/ atau profesional agar mampu memberikan layanan yang maksimal dan kompetitif, pro- fesional, memilik i komitmen nasional dan berwawasan global;
Penyelenggaraan kegiatan penelitian untuk mengembangkan ilmu pengeta- huan, teknologi, dan seni; dan
Penyelenggaraan kegiatan pengabdian pada masyarakat untuk mewujudkan kesejahteraan masyarakat, bangsa, negara, dan umat manusia.
Koleksi museum sebagian besar merupa- kan hasil kerja laboratoris dosen dan mahasisiwa Prodi Pendidikan Sejarah FKIP UPY. Museum Laboratorium Sejarah Universitas PGRI Yogyakarta, mecoba merekonstruksi peristiwa masa lalu yang divisualisasikan dalam bentuk gambar tiga dimensi berebntuk maket beserta kelengkapan- nya. Beberapa koleksi maket yang dipamerkan di Museum
Laboratorium Sejarah Universitas PGRI Yogyakarta antara lain adalah Maket Kraton Majapahit, Kraton Ratu Boko, Kraton Kotagede, Kraton Plered, Kraton Yogyakarta, Istana Versailles, Masjidil Haram, Masjidil Nabawi, Masjidil Aqsa, Istana Sri Paus ( Vatikan) dan lain sebagainya.
Selain maket-maket tersebut, Museum Laboratorium Sejarah Universitas PGRI Yogyakarta juga menyajikan empat buah diorama antara lain Diorama Great Migration ( The Great Trek), Great Invasion Jengis Khan ( The Great Wall), French Revolution (eksekusi Louis XVI), dan American Revolution (Boston Tea Party). Koleksi lainnya guna mendukung sarana pembelajaran museum juga dilengkapi repro patung, repro relief, prasasti, miniatur candi dan miniatur Tugu Pal Putih yang merupakan hasil kolabarasi kerja antara dosen dan mahasiswa dan dosen Prodi Pendidikan Sejarah FKIP UPY. Jadwal jam kunjung museum adalah setiap hari Senin sampai Jumat pukul 08.00-16.00 WIB dan tidak dipungut biaya masuk museum.